در سال 1362 دانشکده مهندسی صنایع دانشگاه صنعتی اصفهان، تحت عنوان "مرکز برنامه ریزی سیستمها" در سطح کارشناسی ارشد اقدام به پذیرش دانشجو در سه گرایش "برنامه‌ریزی اقتصادی"، "تحقیق در عملیات" و "برنامه‌ریزی حمل و نقل" نمود تا اولین دوره فارغ التحصیلان این دانشکده در مقطع تحصیلات‌تکمیلی در سال 1364 رقم خورد. این روند ادامه یافت تا در سال 1373 دانشکده اقدام به اخذ مجوز رشته "مهندسی صنایع" نمود و در آن سال 5 دانشجو در این مقطع پذیرش نمود. در سال 1387 این دانشکده اولین دوره از دانشجویان مقطع دکتری را به تعداد 2 نفر پذیرش کرد.
در حال حاضر این دانشکده در مقطع کارشناسی‌ارشد در سه گرایش "بهینه‌سازی سیستمها"، "لجستیک و زنجیره تامین" و "سیستم‌های کلان" و در مقطع دکتری اقدام پذیرش دانشجو می‌نماید.
دانشکده مهندسی صنایع و سیستمها تاکنون حدودا 2000 نفر در مقطع کارشناسی، 600 نفر در مقطع کارشناسی ارشد و 40 نفر در مقطع دکتری فارغ التحصیل داشته است. تعداد دانشجویان فعال در مقطع تحصیلات‌تکمیلی این دانشکده حدودا 200 نفر می‌باشد که 150 نفر آن در مقطع کارشناسی‌ارشد و بقیه در مقطع دکتری مشغول به تحصیل می‌باشند. در مقاطع تحصیلات‌تکمیلی در هر سال حدود 36 عنوان درس متفاوت توسط کادر هیأت علمی دانشکده در حوزه‌های تخصصی متنوع برای دانشجویان ارائه می‌گردد.
برخی از مهمترین فعالیت‌های اجرایی دانشکده در حوزه تحصیلات‌تكمیلی عبارتند از:
برگزاری جلسات شورای تخصصی تحصیلات‌تكمیلی دانشكده و طرح و تصویب پیشنهاد پایان‌نامه‌های كارشناسی‌ارشد و رساله‌های دكتری.
پیگیری و ارجاع مصوبات شورای تحصیلات تكمیلی دانشگاه.
بازنگری آیین‌نامه‌ها و بررسی مشكلات مربوطه به منظور ارایه نظریات دانشكده به شورای تحصیلات‌تكمیلی دانشگاه.
ورود اطلاعات پروپوزال‌ها، نمرات، صورت جلسه دانش آموختگی و ... در سیستم گلستان.
هماهنگی برای ثبت‌نام دانشجویان جدید و انتخاب واحد و ترمیم واحد دانشجویان تحصیلات‌تكمیلی.
هماهنگی برای ارایه دروس تحصیلات‌تكمیلی و همكاری با اداره آموزش دانشكده برای برنامه‌ریزی.
هماهنگی و پیگیری‌های لازم برای برگزاری ارزیابی‌های جامع آموزشی و پژوهشی دوره دكتری.
هماهنگی برای برگزاری جلسات دفاع از پایان‌نامه كارشناسی‌ارشد و رساله دكتری.
برگزاری مصاحبه‌های مربوط به مرحله دوم آزمون دكتری تخصصی و جمع‌بندی نهایی امتیاز افراد واجد شرایط ورود به دوره.
بررسی و پیگیری گشایش دروس جدید در دوره‌های تحصیلات‌تكمیلی و بررسی و پیگیری رشته‌های جدید در مقطع كارشناسی‌ارشد و دكتری.
بررسی مدارك و تعیین امتیاز اساتید متقاضی ظرفیت تشویقی.
بررسی مدارك و تعیین امتیاز اساتید راهنمای نمونه و دانشجویان نمونه تحصیلات‌تكمیلی دانشكده.