در سال 1362 دانشکده مهندسی صنایع دانشگاه صنعتی اصفهان، تحت عنوان "مرکز برنامه ‎ریزی سیستم‎ها" در سطح کارشناسی ‎ارشد اقدام به پذیرش دانشجو در سه گرایش "برنامه‌ریزی اقتصادی"، "تحقیق در عملیات" و "برنامه‌ریزی حمل و نقل" نمود تا اولین دوره فارغ التحصیلان این دانشکده در مقطع تحصیلات‌تکمیلی در سال 1364 رقم خورد. این روند ادامه یافت تا در سال 1373  دانشکده اقدام به اخذ مجوز رشته "مهندسی صنایع" نمود و در آن سال 5 دانشجو در این مقطع پذیرش نمود. در سال 1387 این دانشکده اولین دوره از دانشجویان مقطع دکتری را به تعداد 2 نفر پذیرش کرد.